寇克船长受命最后一次指挥企业号宇宙飞船匹敌外星人对地球的大规模攻击，他召集旧部和新队员执行使命，两边睁开了一场殊死战斗。第一部的前半部几近满是讲科克船长召集旧部来执行使命，收场就是久违的企业号穿越太空，科克船长胜利的掌握…

太空探测器发出的怪声导致地球风暴，并面临自毁的威逼。寇克船长和他们的船员再度担负起拯救人类的任务。他们发明怪声实在是座头鲸的呼叫，独一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应

寇克大将虽然克服了可汗并建立了创世星，但一切胜利皆枉然。由于他密友冼扑无故身亡，而麦考亦稀里糊涂地变得精神失常。冼扑的父亲沙克并透露了一项惊人的动静，原来麦考正窝藏冼的驱壳，寇克面对两名好友一殁一存，...寇克大将虽然克服…