《金田一少年事务簿R第二季》讲述名侦探金田一耕助的孙子金田逐一和两小无猜的好友七濑美雪等人解决一个个疑案的故事。金田一少年事务簿R改编自天树征丸原作，漫画家佐藤文也作画的著名长篇推理漫画「金田一少年事务簿」。

传说人的心中一旦发生怨恨，就会招来“怨屋”以复仇行为来为其抚平心中怨恨。不胜同窗欺凌而自杀的少女，被心怀吃醋的同事残害身心的上班族，突遭不明身份的人捣乱店面的店东，被印子钱布下陷阱害得家破人亡的少年……这些不幸的人们在束…

在平凡人看不见的空间“护星界”中，栖身着一群拥有超能力“护星之力”的“护星天使”，他们遵守着“自己的气力是用于守护母星地球和人类”这一信条，每当地球陷入危急时，他们便自告奋勇。但在某天，护星天利用于往返“护星界”和“地上…