故事描述小智与皮卡丘、艾莉丝、天桐一行人正搭乘火城前去洛祥的旅途中，在行经山区时发明一只从未见过的神奇瑰宝，但它却受了伤一动也不动。实在它正是被称为三位圣剑士的后继者，梦幻的神奇瑰宝‧凯路迪欧。就在此时，最强的龙系神奇瑰…