哥斯拉突然从海底出现，于东海村登陆将市内的建筑物及发电厂完整破坏，虽然自队向哥斯拉睁开猛烈进犯，但却完整阻止不了它前进。另一方面，危急管理谍报局的官博士于茨城县的海沟发明直径200米的现代陨石，後来陨石内的有机物资与哥斯拉…

1992年，日政府在关西的筑波建立国际哥斯拉对策中间。世界科技精英共聚一堂，协力研究一部G超武器—机械哥斯拉。以大前博士为首的考察团达到亚度诺亚岛时，发明了一只完好无损的蛋。当团员把蛋带回京都时飞翼龙拿顿出现并攻击考察团一行…