无数细线横亘在星空当中，如统一把庞大的刷子。三体星舰队将于400年后抵达。遥远蝴蝶扇动着翅膀，也改变了罗辑的命运，轰然打开的门后是世界中间——面壁计划开启。同时，智子所建立的破壁室内，破壁人逐一就位……

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的庞大生物与戎行交火。危机之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往…