在遥远的时候绝顶，世界遭到大规模污染以后，大地被新的主宰污染兽所占领，将人类逼至濒临灭绝的窘境。幸存的人类在远古炼金术师遗留下的自律型移动都市中生活。这些移动都市各自拥有自己独立认识及功用，有专属交通的都市也有专属教导类…

故事以排挤设定的农学院为舞台，讲述一个东京农业大学的学生小文在学园里的日常生存。可是他拥有能够看见凡人看不见的“菌”的特异体质，这种能力在小文所从事的领域简直能够称为“宝具”，引发骚动也在情理当中。