超迷你兵士与超超迷你兵士共同努力，行使加减乘除的气力将所有烦恼星人全数变回烦恼蛋。但新的烦恼星人“恶果大王”就此登场，想女皇和萌的糊弄之力让超迷你兵士和烦恼星人频繁变人。另一边，疯癫的旋女贝比又来捣乱，超麻烦兵士又惹出了…

谢绝他人难吗？收过没法谢绝的礼物吗？勇敢的超迷你兵士收到了烦恼星人老大想女皇的礼物，这个恐怖的礼物竟然让超迷你兵士落空了战役能力！环节时刻，红发小帝带着哥哥快递小婴现身，这些欢喜冤家们能齐心合力、用康乐与勇气打败相继而来…

膂力太差跑不动？老是忘东又忘西！原来人类的烦恼有可能不是自己酿成的，而是烦恼星人制作的！还好，智商500的女娃博士用勇气与康乐能量缔造出《超迷你兵士》来赞助人类打败烦恼！虽然在大决战中暂时打退了可恶的烦恼星人，可是更壮大的…

静电超强力？午饭变酸了！没想到这个世界除了有烦恼星人，还有麻烦份子！麻烦份子比烦恼星人还小，小到肉眼看不见，超迷你兵士必需把自己缩小到千分之一，才能进入奈米世界冲击新形状的敌人；麻烦份子看起来无邪无辜，却能对人类世界造成…