在纽约市的下水道当中住着四只忍者龟。当它们认识了一位正义的电视记者以后，便赞助他四出冲击犯罪，成为城市英雄。

该动画讲述的是由4只基因突变的乌龟所构成的忍者整体,并获得斯普林特师父的忍术训练和指点的故事.他们住在纽约曼哈顿的下水道,夜间出动,冲击街头犯法,邪恶权势和外星入侵,同时他们始终和外界社会连结距离.