话说在纽约市的下水道当中住着四只工夫高强的忍者龟,它们跟随着忍者师父—一只来自日本的超级大老鼠.一次有时机会,它们救了一位正义的电视女记者,她也成为了独一知道忍者龟藏身处的人....

该动画讲述的是由4只基因突变的乌龟所构成的忍者整体，并获得斯普林特师父的忍术训练和指点的故事。他们住在纽约曼哈顿的下水道，夜间出动，冲击街头犯法、邪恶权势和外星入侵，同时他们始终和外界社会连结距离。