舞台是象征理性的「青之世界」，然而正在遭受由本能安排的「红之世界」的生命体NightflyO’Note的袭击与侵犯。17岁的主人公麻黄Akira就职为青之世界研究员，随后由于能力出众而被提拔为最火线的战役批示官，受命负责横跨石垣岛和西表岛而组成的对位相外防卫机关，通称「琉球LAG」。在那里她遇见了在第五战役单位经过苦战而三军覆灭以后，于四年前成立的第六战役单位「IS」的学生们。主人公作为教官，率领着又称「Scared Rider Xechs」的6名骑手（Rider），配合浴血奋战，应对来自异世界的进犯和威逼。在这样的生活中，他们的友情也在逐渐加深。
