简介：高中生侦察工藤新一，在与两小无猜的毛利兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下买卖。专注于偷看的他没有注意到从身后静静接近的黑衣人同伙，被打昏了后强灌下神秘的毒药——APTX4869，醒来时发明自己的身体居然酿成了小孩！在阿笠博士的发起下，他自称江户川柯南，借住在毛利小五郎的侦察事务所中，一边侦破案件，一边追查着神秘的黑暗组织。后来APTX4869的建造者宫野志保（雪莉）因姐姐被杀逃离组织，身体缩小后更名为灰原哀寄住在阿笠博士家。黑暗组织不竭追查着雪莉的着落，而柯南一次次与黑暗组织正面或暗地抵触，后来更是与一样目的的FBI联手。与此同时柯南装作一年级小学生，用阿笠博士发明的道具伪装成毛利小五郎破案，为毛利赢得"沉睡的小五郎"盛名。同时他与强敌怪盗基德的较量也在演出。为了恢回复复兴来的模样，柯南仍在一直的追逐着！
