简介：第1次冒险的3年后，数码世界又随即起头出现新的危急，为此而出现了新的被选中的孩子来拯救这个世界。本来被选中的孩子们都进入中学（阿武和小光没有），他们不行再长时间地守护数码世界和他们的数码兽伙伴。某日，一个自称数码皇帝的泼辣少年突然出现攻击数码兽，还行使黑暗螺旋环和黑暗塔诡计控制数码兽们。在他的处处逼迫之下，数码兽迫于无奈睁开战斗。 新一代被选中的小孩们共3个，别的还有阿武和小光继续参战。他们每小我都获得一台新的暴龙机“D-3”，他们以此通过电脑进入数码世界，别的一个用处是“装甲进化”，只有行使数码装甲蛋就能够让他们的数码兽即便在黑暗气力的控制下，也能够实现装甲进化。最后，朋友们胜利阻止邪恶的数码皇帝实现阴谋，可是他的最重要的数码兽──虫虫兽由于小贤（数码皇帝人格）的错而死去。 小贤对他之前错误的行为感应忏悔，而且决议进入被选中的小孩们，而且与新出现的敌人亚基利兽（Archnemon）和她的伙伴木乃伊兽（Mummymon）战斗。亚基利兽有独特的气力能够把黑暗塔的控制力变强。为了与这个新的威逼战斗，孩子们得知了DNA Digivolution，使他们的数码兽归并以获得更多气力。 最后，当战斗被带入现实世界，真实的策划者——及川悠纪夫，为人所知。他从小贤那里获得了黑暗种子，并把它植入了进展和小贤一样的孩子们的身体里。那些种子行使小孩们心中黑暗的气力发展成为花。最终，被选招的孩子们面对及川，知道了他是个极端分歧群的人，他独一的朋友是伊织的父亲——火田浩树。浩树和及川年青的时候经常在一路玩电子游戏，最终着迷于数码世界而且非常进展到那里去。最后，有个存在从他的身体里弹出，无差别于' 真实的' mastermind，究极吸血魔兽（Venom Vamdemon），现在再生作为贝利亚吸血魔兽（Belial Vamdemon）。 故事的最后，全世界的被选招的孩子全数帮手，存在于每小我心中的光亮和进展令数码世界重新回到那个美好的处所，而及川由于太虚弱而不行进入数码世界，他把自己的气力送给了自己热爱的数码世界，和数码世界永远在一路。和平恢复后，数码世界和现实世界被联系起来，每小我都拥有了自己的数码兽。
