太空探测器发出的怪声导致地球风暴，并面临自毁的威逼。寇克船长和他们的船员再度担负起拯救人类的任务。他们发明怪声实在是座头鲸的呼叫，独一的选择就是回到20世纪去带回一只座头鲸来对探测器作出回应。