《忍者神龟》漫画诞生于1984年，而于1987年播出其第一部动画。故事的主角是四只住在纽约下水道的基因突变的小乌龟，由他们的老师——一只酿成了老鼠的日本忍者教导他们忍者的精神和工夫，以此同邪恶的鬼脚忍者施莱德（Shredder）和外…

在热斗他们生存的世界彼方世界之间突然打开一道通道。在彼方世界大张旗鼓的领航员的权势战争，却由于一个婴儿领航员的逃跑，致使战火烧到了热斗他们的世界。随着兽裔领航员的入侵，网络世界也再一次陷入危急。这场战争究竟会怎么……