国立爱丽丝研究机关学园本部差别于一般的学园，只招收具有特殊能力的学生，这种能力被称之为“爱丽丝”。由于密友今井萤（钉宫理惠 配音）转学从乡下来到了城里的爱丽丝学园，无论若何也不想和萤分隔的佐仓蜜柑（植村加奈 配音）是以离家…