当世界由于大规模的核战争而遭到毁灭性冲击后，人类为了争夺仅有的淡水和食物起头相互抢夺厮杀，为领会救黑暗时代的人们，斗极神权的继承人健次郎凭仗着能力无比的暗杀拳法——斗极神拳，同各类邪恶权势做战役，最终将光亮带回世界！

主人公・柳生一平は、山奥のトキオ村にある私立忍者小学校に通う４年生。悪友の伊賀山、根来、亀之丞、それにガールフレンドのアゲハちゃんらと共に、本日も修行に、遊びに励んでいく。時にはライバルのテクノ村のメカ小学校や、さまざま…