美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时曾经历一路离奇神秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今着落不明。从此穆德便专注于神秘事务的研究，并专门负责FBI总部的X档案部门。因穆德行事乖张，…

继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，实时觉察错误后和史考莉通同好来骗当局高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别捕快不应进入的处所”汇集需要的资料。本季成长越来越精彩，一些没有被完整革新的混血外星人联合起来反抗殖民阴谋。…