小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇瑰宝顶级训练师。在行将睁开训练师旅程的一天，由于迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不肯进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失踪的年青…