千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……立志成为隽拔的神奇瑰宝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘睁开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的霎时，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼叫声…